تستغرق أعمال تنظيف القُبة التي يبلغ مُحيطِها الخارجيّ (46.5)م، وبقُطر (15)م، حوالي خمسة ايام ، حيث يتُم تقسيمها إلى خمسة مقاطع , ويتم تنظيف كل يوم مقطع واحد ، وباستخدام مواد ومُعِدّات تنظيف خاصةَ من ماء ومساحيق تنظيف وقِطع قِماش من النَوع القطني، لغرض تجفيّف بلاطات الذهب ، لأن تركه من دون تجفيف يؤدي أحياناً لتعلق الرواسب عليه، والتي تكون على شكل تكلُّسات تُقلل من شدّة بريق ولَمَعان القُبة الشريّفة, ويَتطلب العمل مُراعاة عوامل الزمن والدِقّة والسرعة في عملية التنظيف وعملية ضخ الماء ، لأن طابوقة الذهب مُثبتة بمادة (الجص) وهي تتأثر بالماء سريعاً.
وقدّ شملت المرحلةُ الأولى من تنظيفِ القُبة الشريفة البدء من الجِهة الشرقيِّة بباب الفرات (العلقمي)، وبعكس عقارب الساعة ومن الأعلى الى الأسفل، أي من الراية الشريفة الى قاعِدة القُبّة، على أن يُشرّع بعدها بتنظيف المنائر.
يُذكر أنّه قبل سنين كانت تجري أعمال التنظيف بواسطة كوادر من خارج العتبة المقدّسة، لكن بفضل الله سُبحانه وتعالى وبركات صاحِب هذا المرقد الشريف, أصبحت اليوم أعمال التنظيف تجرى برُمتّها على يد كوادر القسم، وقد اكتسبوا الخبرة الكافية عن كيفية إجراء هذا التنظيف والآليّة المُتّبِعة فيه ، لتكون القُبة الشريفة والمنائِر الطاهرة بأبهى صورة، وبما يتناسب ويليق مع قُدّسية صاحب المرقد المُطهّر صلوات الله عليه.