أمّا الهجوم الثاني فكان في يوم (8 شوّال) من عام (1344هـ) الذي هدموا فيه أوّل ما هدموا قبّةً وُضعت لشهداء أحد كانت واقعةً في خارج المدينة، ولمّا دخلوها فكّروا أنّهم لو أرادوا هدم الأماكن المقدّسة في البقيع عليهم تهيئة الأرضية المناسبة لذلك من خلال إقناع الرأي العام في الحجاز الذي كان في ذلك الوقت يُخالفهم تماماً والحصول على فتوى العلماء في ذلك، فأرسلوا قاضي قضاة نجد سليمان بن جليهد إلى المدينة ليحصل لهم على تلك الفتاوى التي تتناسب والعمل الذي ينوون القيام به.
وبالفعل ذهب إليهم وطرح عليهم الأسئلة ووضع لهم الإجابة وطلب الإمضاء عليها وإن لم يفعلوا حكم عليهم بالردّة والكفر والشرك وبذلك يستحقّون الموت، وبعد صدور الفتاوى من قبل خمسة عشر من وعّاظ السلاطين أو من يسمّون أنفسهم بالعلماء، وزّعت بين الناس في الحجاز وفي نفس العام وبعد أن أصبح عندهم غطاء شرعيّ لأفعالهم المشينة قاموا بتخريب وهدم قبور الأئمّة الأربعة الأطهار(عليهم السلام) ومحو كلّ الآثار والمعالم المتعلّقة بأهل البيت(عليهم السلام) وسلبوا كلّ الأشياء الثمينة منها ولم يسلم منها إلّا قبر النبيّ الأكرم(صلى الله عليه وآله وسلم)، بعد أن سرقوا كلّ الأموال والمجوهرات في الخزانة.
بالإضافة إلى ذلك قاموا بتهديم قبورٍ أخرى وهي عبارة عن القبر المنسوب لفاطمة الزهراء(عليها السلام) وقبر أمّ البنين(عليها السلام)، وقبر إبراهيم بن النبيّ(صلى الله عليه وآله وسلم)، وقبر إسماعيل بن الإمام جعفر الصادق(عليهما السلام)، وقبر حليمة السعدية مرضعة النبيّ(صلى الله عليه وآله وسلم) وقبر حمزة بن عبد المطلب(عليه السلام) مع الشهداء في أحد.