واهم ما تتميز به هذه الوحدة هو آلية خزن السجاد فهي تتم بشكل علمي ومتحفي في مخزن يتميز بطرق خزن عصرية للسجاد الفاخر ، و تمر عملية الخزن بعدة مراحل منها :
1- تثبيت قاعدة البيانات للقطعة ( قياسات ، نوعية )
2-تنظيف السجادة من الغبار
3- تزويد كل سجادة برمز خاص يدعى ( الباركود )
4- استخدام بعض المواد الطبيعية الطاردة للحشرات والقوارض
5- لف السجادة على انبوب بعد تغليفها بطبقة من السيلفون والنايلون
6- تغليف السجادة بقماش الكتان
الجديرُ بالذكر أنّ متحف الكفيل للنفائس والمخطوطات يُعتبر من أوّل المتاحف التي افتُتِحَت في عتبات العراق المقدّسة، وذلك في عام (2009م) تزامناً مع ذكرى ولادة السيّدة زينب (عليها السلام)، حيث يضمّ المتحف عدداً كبيراً من النفائس والمقتنيات الأثريّة التي يعود البعضُ منها الى مئات السنين.